A linha de atuação da Incubadora é dividida em dois setores: o Projeto Gene, um programa de extensão da Universidade Regional de Blumenau em parceria com o Departamento de Sistemas e Computação, que atua como pré-incubadora e apóia os alunos da instituição, e a incubadora do Instituto Gene, que auxilia no desenvolvimento de empresas com potencial inovador.

O Projeto Gene é uma incubadora de empresas focada na pré-incubação que há 10 anos promove a geração de novos negócios. Sua criação surgiu ligada ao projeto GENESIS (Geração de Novos Empreendimentos em Software Informação e Serviços) coordenado pela Sociedade Softex e apoiado pelo Ministério de Ciência e Tecnologia, por meio do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

O fundamental papel exercido pela incubadora do Instituto Gene é o apoio à geração de novas empresas através da criação e disponibilização de um ambiente propício à implantação de projetos inovadores por novos empreendedores. Neste sentido, o Instituto Gene promove o desenvolvimento econômico regional, por meio da criação de empresas aptas a contribuir para a capacidade inovativa das empresas já estabelecidas e, assim, para o aumento de sua competitividade.Nestes 10 anos 34 empresas foram geradas, sendo que 22 já foram graduadas, ou seja, passaram com sucesso pelo processo de incubação e hoje atuam no mercado com seus próprios méritos e crescem numa taxa de 147% ao ano nos dois primeiros anos.